Sempre all’interno del complesso conventuale si può visitare il Museo degli Affreschi "G.B. Cavalcaselle", inaugurato nel 1973 e dedicato a un famoso storico e critico d’arte del 1800. Ospita gli affreschi realizzati tra il X ed il XVI, staccati dai palazzi privati veronesi e dagli edifici religiosi per essere portati in salvo dopo i danni causati dalla piena dell’Adige del 1882. Di recente è stato restaurato e ampliato con altre collezioni: si trovano qui le sculture realizzate nell'800 da Innocenzo Fraccaroli e Torquato della Torre, molte tele di artisti vissuti tra il ‘500 e il ‘700, e gli affreschi recuperati nella Grotta dei Santi Nazaro e Celso, uno dei più antichi sacelli presenti nel territorio veronese.
Inoltre, tra gli affreschi conservati ci sono frammenti della decorazione di Altichiero nei palazzi scaligeri, un ciclo di Jacopo Ligozzi eseguito col padre Ermanno, e alcuni affreschi staccati da facciate di palazzi veronesi, tra cui opere dei manieristi Paolo Farinati e Bernardino India.
In un’aula della ex chiesa del convento sono raccolti, a rotazione, alcuni dipinti provenienti dai depositi del museo di Castelvecchio, soprattutto di autori di scuola veronese del XVI e XVII secolo, mentre nei sotterranei si trovano anfore di origine romana, datate all’incirca I secolo d.C.
Una curiosità: due sale del museo, la Sala delle Muse da Casa Guarienti e la Sala Giacomo Galtarossa, vengono rese disponibili dal Comune per la celebrazione dei matrimoni.
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